Al suo interno si trovano quadri, suppellettili sacre, antichi documenti, paramenti liturgici, insieme a un organo Callido del 1771 e a raffinati intagli lignei di Andrea Scoccianti, detto Raffaello delle Fogliarelle (1640-1700).
Gran parte degli oggetti proviene dalle donazioni e dal lascito testamentario di Giovanni Giacomo Baldini (1581-1656), medico apiranese di grande fama che, trasferitosi a Roma, fu medico personale del cardinale Scipione Borghese, di Papa Urbano VIII e di Papa Innocenzo X. Fu grazie al suo interessamento se nel 1632 la chiesa di Sant’Urbano venne elevata a Collegiata con bolla papale di Urbano VIII.
Frequentando la corte papale, Baldini entrò in contatto con artisti di rilievo e divenne a sua volta collezionista. Alla sua morte, gran parte del suo patrimonio passò alla chiesa di Sant’Urbano. Tra i tesori della raccolta spiccano una serie di calici incisi a Jesi nel 1658, reliquiari e busti in argento di provenienza romana, e numerose tele di grande valore. Tra queste, il “San Giovanni Battista nel deserto” di Valentin de Boulogne (1594-1632), opere di Andrea Lilli (c. 1570 – post 1631), e la toccante “Pietà” di Jusepe de Ribera (1588-1652), donata alla chiesa da Giovanni Francesco Perantoni, vicario generale di Camerino. Nella collezione è presente anche un egregio dipinto dello Spagnoletto.